شورای انضباطی دانشجویان تنها مرجع دانشگاه است که صلاحیت رسیدگی به تخلفات دانشجویان را دارا است. مبنای ساختار و نحوۀ رسیدگی و نیز مبنای آرای این شورا ، آیین نامۀ مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی و شیوه نامه ای است که به تصویب وزرای «علوم، تحقیقات و فناوری» و «بهداشت و درمان و آموزش پزشکی» رسیده است. شورای انضباطی دانشگاه شامل بخش دبیرخانه و امور ادرای، شورای بدوی و شورای تجدیدنظر است.
شورای بدوی متشکل از معاون دانشجویی، معاون دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه، یک عضو هیأت علمی، دو عضو دانشجو و دبیر شورای بدوی انضباطی است. اعضای شورای تجدیدنظر: رییس دانشگاه، مسؤول دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه، دو عضو هیأت علمی، یک عضو دانشجو و معاون دانشجویی (به عنوان دبیر شورای تجدیدنظر انضباطی) هستند.
شوراهای انضباطی از نظر اداری، در حوزۀ معاونت دانشجویی قرارمی گیرند؛ اما از نظر بررسی پرونده ها، برخورد با تخلفات و صدور آرا کاملاً مستقل هستند و غیر وابسته به سیستم اداری دانشگاه عمل می کنند.
